Con el fin de aprovechar al máximo las propiedades de la espirulina fresca, conviene no cocerla. A partir de 42ºC, algunos nutrientes frágiles empiezan a ser desnaturalizados por el calor. Es el caso de las vitaminas por ejemplo, las enzimas, los pigmentos antioxidantes, etc.
La vitamina C permite al organismo asimilar el hierro de los alimentos. Por ello, ingerir espirulina junto con una fuente de vitamina C asegura una asimilación óptima del hierro contenido en la espirulina. Una buena manera de consumir la espirulina puede ser en ayunas junto con un zumo de frutas como el limón, la naranja o el kiwi.